微生物菌剂的肥效持续时间长，可以减少化肥的施用量，并且它本身无毒无害。生长在受污染土壤的作物，会对作物的生长带来不好的影响，其产品还会对我们人类带来严重危害。所以，土壤污染治理是很重要的。

盐碱地具有机质含量低，土壤理化性状差，土壤肥力低，不易促苗等问题。盐碱地不易发芽，所以，应适当控制肥料的施用。基肥应多施有机质含量高的生物有机肥，减少化肥用量同时不要靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响种子发芽。在条件允许的情况下，可以广泛应用秸秆还田和耐盐绿肥来减轻盐害。

粘土地的土壤保肥能力强，养分不易出现流失，含有机、无机胶体较多。但其施肥后见效也慢，肥效缓而长，土壤紧实，通透性差，作物发根困难。这种土壤施用复合微生物作为肥料和生物有机肥，通过不断丰富的有机质和有益微生物的活动，以此来增加细胞通透性，提高保肥保水能力。

微生物菌剂在土壤中使用后，会让一些有益微生物在土壤中迅速发展繁殖，会产生多种对作物有益的代谢产物。它们可调控作物生长，使作物健壮。除此之外，其还能为作物提供有机质和有益微生物活性菌。微生物菌剂中的一些其他菌种还可以分泌一些素维生素等以促进作物生长，使作物健康发展。

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