养殖池中的有毒物质主要是氨和亚硝酸，可被硝化菌剂消耗，产生无毒的硝酸，是藻类最好的氮肥，可被藻类吸收和同化，因此硝化菌剂在养殖池中是绝对不可缺少的。如果硝化细菌缺乏，水中的氨含量会迅速增加，池塘水中的鱼虾会有死亡的危险。很多人通常不理解这个问题的重要性，以至于经常遇到种田失败的命运。这说明如果不了解这个问题的症结所在从而寻求改进，即使是有经验的操作人员，也有可能被硝化细菌的短缺打败。

硝化菌剂是一种控制水产养殖池塘水中自生氨浓度的处理剂，不仅使用方便，而且效果立竿见影，因此越来越受到鱼友的欢迎。使用时，药剂可以直接分散在水池中，很快就可以发挥除氨的效果。市售硝化菌剂可分为活菌和休眠菌，渔民可根据自身需要购买使用。前者由活细菌构成，在显微镜下可以观察到它们的活动。后者由休眠细菌构成，用显微镜观察看不出有活性。选择活菌的好处是可以快速除氨，最适合氨浓度高的突发事件。但是由于活菌对氧气的要求比较严格，尤其是属于硝化细菌属的细菌，只有在有足够氧气的情况下才能存活，所以往往很难将活菌保存下来，做成产品。因此在购买此类产品时，应特别注意其有效使用寿命。如果使用过期的产品，在除氨方面没有效率。选择休眠菌的好处是可以长期保存，不用担心失败。但由于休眠菌变为活菌所需的激活时间可能需要几天，因此不能用于应急处理，只适合日常水质管理。一般来说，休眠菌的保质期在1 ~ 2年左右，要注意商品上标明的保质期以免过期。

添加硝化菌剂是另一种可行的方法，尤其是在水质检测中发现水中氨浓度偏高时，这种方法是最有效的。但这种方法只是治标不治本，因为这些制剂在水中被活化成活菌后，仍然是“无壳蜗牛”，无法在池水中增殖，甚至因环境不适而逐渐死亡，所以必须定期添加才能达到预期效果。