通过“对硝化细菌的深入了解”和“硝化细菌在水生动物中的应用”，可能会对硝化细菌有更深入的了解。但是在实际使用中，很多鱼友对硝化细菌还是有很多误解的，往往体现在两个极端：一个人认为硝化菌剂是万能的，加入后鱼缸立刻把鱼清干净；另一种是硝化菌要自然培养，人工添加硝化菌剂没有效果，纯属噱头，等等这些理解都是片面的、错误的。

硝化菌剂不仅要在开罐时加入，日常水质维护时也要定期加入。由于水族箱水体较小，无法通过自然界那样强大的生物系统进行自我调节和保持稳定，水族箱的硝化系统比较脆弱，可能会受到一些微小变化的很大影响。如果有机物代谢波动，大于偶尔投喂量，或者突然加了几条鱼，就会引起水中氨和亚硝酸的波动。如果这种波动超过硝化系统的耐受范围，水质会急剧恶化，水中有毒物质浓度急剧上升，进而大量细菌死亡，进一步削弱硝化系统的能力。这样的恶性循环会导致硝化系统崩溃。

硝化菌剂是好氧细菌，尤其是工作时，需要消耗大量的氧气。因此我们建议过滤系统每天24小时开放，为硝化系统提供足够的氧气。硝化菌剂不产生孢子，能在极低氧环境中生存。对氧气的需求远远低于异养菌，所以即使关掉过滤，一般也没问题。特别是开式过滤系统，如滴流过滤、溢流过滤，即使因接触空气而停止过滤，硝化细菌仍能正常生长；然而，封闭的过滤系统要危险得多。比如滤桶停止工作，由于好氧异养菌的大规模繁殖，内部氧气会被耗尽，而需氧量大的异养菌会先死亡，水质变差。由于硝化系统几乎处于休眠状态，毒素的积累最终会导致硝化细菌大量死亡。因此如果过滤筒停止时间过长，会对内硝化系统产生巨大的影响。

此外过滤系统必须稳定运行，为了省电或者不喜欢过滤的噪音，有些鱼友喜欢晚上关掉过滤然后早上再打开，这是不对的。白天由于过滤的循环，水中溶解氧高，异养菌和硝化细菌大量繁殖。晚上停止过滤时，溶解氧减少，高需氧量的异养菌大量死亡，破坏水质。因此稳定的过滤会带来稳定的水质，必须连续运行。